Influensa, øyekatarr og 4 arbeidsdager borte

Til slutt ble jeg også syk denne høsten. Jeg våknet mandag morgen med sår hals og en visshet om at dette ikke kom til å gå bra. Jeg var superflink på kontoret hele dagen, men da klokka ble 16 kjente jeg at det var på tide å komme seg hjem (som jo er gresselig tidlig for meg, pleier å bli til 20.30 på mandager). Vel hjemme bar det rett i seng og jeg har ikke egentlig hatt klart hode før i dag. Ikke at det er over ennå, men nå måtte jeg bare jobbe litt. Jeg er ikke arbeidsnarkoman, jeg er veldig flink til å la jobben være igjen på kontoret (nesten for flink), men det siste jeg gjorde på mandag var å bestemme meg for at jeg skal prøve å få ferdig det første manuskriptet mitt til 4. desember. Det er bare 5 uker til (nå egentlig 4), så det krevde stor framgang hver uke for å få i havn, men jeg kjente at “vet du hva, dette tror jeg jeg kan klare”, jeg begynner å få dette her ordentlig under huden og er klar for å ta ordentlig regi selv, egentlig.

Og så ble jeg full av influensavirus. Blæ, blæ. I tillegg våknet jeg natt til fredag og kunne ikke åpne venstre øye, øyekatarrjomfrudommen er tatt. Så nå drypper jeg øynene hver 2. time og hører på Tarjei’s nye, utrolig fine album Goraikoo. Det virker som at det første albumet er litt godtvondt å lage som den første artikkelen og det trøster meg veldig at Tarjei har kommet i havn. Da klarer jeg det sikkert også.

Nå skal jeg jobbe meg gjennom helga med Tarjei i ørene. Ønsk meg lykke til!

bb248a81aaf6_144010839631_coverstor2

Dere kan strømme albumet alle steder 🙂

English: I got influenza and a bacterial eye infection right after deciding that I will work my ass off for five weeks to finish my first paper. Therefore I am working today after four days in bed, to see if I can something done, finally. To comfort me I am listening to my friend’s new album, Goraikoo. Follow the link to SoundCloud or stream it anywhere 🙂

Hardt arbeid

Bror har ikke full stilling og innimellom kommer han på besøk midt på dagen for å holde meg med selskap når jeg har hjemmekontor.

DSC_0006

På torsdag knipset han meg også mens jeg jobbet, så her får dere se hvordan det ser ut når jeg jobber hjemme. Bare meg og PCen på stua med et stort glass vann og uendelig med utsikt.

DSC_0005

Koselig på Cafe Sara

image

Jeg vil slå et slag for cafe Sara som skriveplass. Det er gode sofaer, hyggelig stemning, godt utvalg av både mat og drikke og de har åpent leeenge. Jeg drakk to øl, spiste grønne oliven og så på folk mens jeg leste Mäkinene et al 2014 og tenkte smarte tanker.

image

English: I went to Cafe Sara on Monday to keep writing. I like it there because it is calm, nice and cozy and you could sit there for ages.

En dag i PhD-livet

På tirsdag hadde jeg en veldig fin, men ganske utypisk arbeidsdag:

10:00

Jeg hadde vært lenge på jobb på mandag, men ikke fått til noe (alt jeg prøvde på gikk galt), så jeg sov lenge tirsdag morgen for å hvile. Jeg ble liggende i senga og være på internett litt før jeg stod opp og spurte Camilla om hun ville spise lønsj, siden hun har gått ut i permisjon, men ikke fått barn ennå. Det ville hun, hurra! Raskt frokost med hjemmebakt brød, som vanlig.

10:30

Så 40 min med yoga med Adriene for å få svettet litt.

11:30

En time med supereffektiv jobbing (jeg er veldig motivert av frister og “nå må jeg snart gå” funker alltid veldig bra) hvor jeg fikk løst ett av to problemer fra dagen før.

12:30

Så bar det til Stockfleths som ble Baker Hansen fordi Stockfleths bygger om. Vi spiste lønsj, snakket om livet, sladret om felles bekjente, snakket om fremtiden (mest hennes, min er litt trist om dagen) og hadde det fint.

14:30

Etter lønsj gikk jeg innom DNB og fikk endelig satt inn pengene fra korkonserten vi hadde i slutten av mai. Ikke alltid verdens flinkeste kasserer, men gjør mitt beste.

15:30

Så dro jeg hjem og jobbet. Med unntak av middag jobbet jeg helt til 21. Som jo ikke er så mange timene, men jeg fikk gjort mye mer enn hele mandagen. Jeg fikk løst alt jeg skulle (med bittelitt hjelp av Erik), prøvde å finne en artikkel om et av de interessante genene som er under seleksjon og fikk krysset av alt som sto på lista mi.

21:00

Jeg avsluttet dagen med en time øving på korsanger, endelig begynner Ave Maria av Holst å sitte!

22:00

Ingenting er som å legge seg en dag man har vært superflink 🙂

English: an unusual day in my life as a PhD. I slept in, did yoga, worked, went to a cafe with a friend, worked throughout the evening and ended the day with some singing practice. A very good day.

Lesedag i Oslo

Etter å ha jobbet hardt hele uka med midtveispresentasjonen min, holdt presentasjon, hatt alvorlig møte og jobbet tre timer overtid dro jeg ut og drakk øl hele natten med Morten og alle de morsomme vennene hans. Derfor tok jeg hjemmekontor på fredag, for å spare reisetid. Men da jeg våknet fredag hadde jeg intenst lyst på brønsj, så det endte opp med å bli utekontor heller enn hjemmekontor.

Først måtte dagens antrekk dokumenteres. Ny sommerkjole med hawaiimønter fra H&M med to splitter og spaghettistropper.

DSC_0396

Kunsten måtte dokumenteres i dagslys. Det trykket med seilbåt er det vi fikk av Eriks foreldre i bryllupsgave og skal snart på ramme.

DSC_0397

Første stopp ble Nighthawk diner på Grünerløkka.

DSC_0398

DSC_0399

Jeg kom rett før lønsjrushet og nøt den rolige stemningen og en bok til frokosten.

DSC_0401

Vi var flere som tok det rolig.

DSC_0402

Jeg spiste eggs benedict, første gang for meg. Posjerte egg, frokostmuffin og hjemmelaget bernaisesaus. Var veldig godt. Alt for mye, selv om jeg var supersulten, men det holdt meg gående lenge.

DSC_0403

Jeg brukte dagen på å skrive på og utbedre manuskriptet på min første artikkel. Leste sentrale artikler og prøvde å høres like smart ut som dem.
DSC_0404

Etter å ha sittet på Nighthawk noen timer syklet jeg ned for å si hei til Erik som skulle til Trondheim i helga. Jeg reiste forresten rundt med en sånn liten sekk som er in igjen, min er vaskeekte 90-tall og jeg fant den hjemme hos mamma og pappa for en uke siden. Funket ypperlig.

DSC_0409

DSC_0411

Min første lange hverdagskjole. Har alltid tenkt at jeg kom til å se enda kortere ut, men nå skiter jeg i det. Føles luksuriøst med lang kjole.

DSC_0412

Det var nydelig vær, så jeg måtte UT. Syket fra Grønland og ut på Sørenga bad. Var litt kronglete å komme helt ut, men det var veldig fint der. Blåste litt, da, men det går bra når man ikke skriver på papir…

DSC_0414

Angret litt på at jeg ikke hadde tatt med meg badetøy da jeg dro hjemmefra.

DSC_0415

Det er tresenger, dusj, liten sandstrand, badebrygger med stiger og utsikt til operaen og alt.

DSC_0416

Ingeborg på tur.

DSC_0417

Valgte så mange farger som mulig 😉 Men så var det på tide med mer både vann og mat. Jeg syklet opp Torggata der det er så mye bra å spise. Men først ble det en liten stopp i sola hos Crowbar. Det var fint å flytte på meg i løpet av dagen, så fikk jeg litt pause fra teksten, før jeg satte meg ned igjen.

DSC_0419

Men etter ølen var jeg lønsjsulten, så da prøvde jeg ut nye Freddy Fuego som er kommet rett rundt hjørnet ved Cafe Sara.

DSC_0420

De selger raske, hjemmelagede burritos.

DSC_0421

Du får dem med storfe, svin eller kylling og kan velge mellom fire forskjellige ordentlige salsaer. Jeg tok den nest sterkeste, men skal ha den sterkeste neste gang 🙂

DSC_0422

Det var et ordentlig hipstersted med lange trebord og fænsi mat, men det var god og rimelig, så jeg kommer tilbake 🙂

DSC_0423

Det ble en veldig fin dag ute i sola og jeg kjente at denne artikkelen samler seg mer og mer i tankene. På kvelden var jeg med Karen, men det tar vi senere!

10 måneder til

På torsdag hadde jeg midtveisevaluering av PhDen min. Jeg er jo langt over midtveis, men instituttet krever at jeg holder en presentasjon av resultatene mine så langt og hvordan jeg har tenkt til å komme i havn med PhDen. Det sier jo sitt at jeg hadde denne presentasjonen så sent, så på møtet vi hadde etter presentasjonen kom vi fram til at det er helt umulig å bli ferdig til desember. Vi skal søke om utsettelse (med lønn, yay!) og så får vi se hvordan det går.

Men vi har i hvert fall startet med ukentlige møter og ting går raskt framover med det første artikkelen min. Det har vært mye jobbing de siste ukene og nå vet jeg at det blir mye jobbing de neste 10 månedene også. Minst.

Ses kanskje aldri…

Skoleoppgaver, jobb og øl

Ja, det er det livet har vært den siste uka, egentlig. Jeg har jobbet masse og faktisk beveget meg litt framover, for en gangs skyld. Vi har sittet ute og drukket øl tre ganger allerede denne uka (mandag – Regipils, onsdag – Brors bursdag, torsdag – øl med Fride), veldig bra. Jeg trenger å snart å satt igang de ordentlige analysene på jobb, bli ferdig med de to skoleoppgavene (står på planen for i morgen) og så har jeg så smått satt igang speiderhøsten.

Denne høsten blir det:

  • Komité Speiding – men bare fram til januar, da er jeg ferdig med 4 (!) år
  • Vålerenga speidergruppe – være “inkallingsvikar” og roverguru
  • Bærum Vokalensemble – kor! Hurra!
  • jubileumskomite for Duddelibu – men bare i to uker til
  • bryllupsplanlegging – (eh, ja, litt langt nede på lista)
  • få ferdig prosjekter i leiligheten – vi har nå hengt opp to bilder, en hylle, skal henge opp et stort speil, har hengt opp høytalere på kjøkkenet, har ordentlige spisestuestoler og kanskje får vi nattbord også. Spennende!
  • jo, og så har jeg 20 studiepoeng jeg må gjøre ferdig før jul og minst ett manuskript som bør være i boks. Hurra, for meg.

Because science

I found this site through twitter: http://io9.com/10-scientific-ideas-that-scientists-wish-you-would-stop-1591309822/+AnnaleeNewitz that lists 10 scientific terms that people misunderstand. My favorites were

6. Gene

Johnson has an even bigger concern about how the word gene gets used, however:

It took 25 scientists two contentious days to come up with: “a locatable region of genomic sequence, corresponding to a unit of inheritance, which is associated with regulatory regions, transcribed regions and/or other functional sequence regions.” Meaning that a gene is a discrete bit of DNA that we can point to and say, “that makes something, or regulates the making of something”. The definition has a lot of wiggle room by design; it wasn’t long ago that we thought that most of our DNA didn’t do anything at all. We called it “junk DNA”, but we’re discovering that much of that junk has purposes that weren’t immediately obvious.

Typically “gene” is misused most when followed by “for”. There’s two problems with this. We all have genes for hemoglobin, but we don’t all have sickle cell anemia. Different people have different versions of the hemoglobin gene, called alleles. There are hemoglobin alleles which are associated with sickle cell diseases, and others that aren’t. So, a gene refers to a family of alleles, and only a few members of that family, if any, are associated with diseases or disorders. The gene isn’t bad – trust me, you won’t live long without hemoglobin – though the particular version of hemoglobin that you have could be problematic.

I worry most about the popularization of the idea that when a genetic variation is correlated with something, it is the “gene for” that something. The language suggests that “this gene causes heart disease”, when the reality is usually, “people that have this allele seem to have a slightly higher incidence of heart disease, but we don’t know why, and maybe there are compensating advantages to this allele that we didn’t notice because we weren’t looking for them”.

7. Statistically Significant

Mathematician Jordan Ellenberg wants to set the record straight about this idea:

“Statistically significant” is one of those phrases scientists would love to have a chance to take back and rename. “Significant” suggests importance; but the test of statistical significance, developed by the British statistician R.A. Fisher, doesn’t measure the importance or size of an effect; only whether we are able to distinguish it, using our keenest statistical tools, from zero. “Statistically noticeable” or “Statistically discernable” would be much better.

Soft sweeps and adaptation

We are now at day three here in Puerto Rico. There are more and more interesting talks and a lot of people that I want to read up on. The twitter community at #SMBE14 is blooming and it is really nice to see what other people think of what is happening. This is why I have twitter.

And one of the people here does these wonderful sketches and luckily for me he is in almost all my sessions. Here is one from one of the more interesting talks today.

20140611-125405-46445695.jpg

All honor to Alex Cagan (@ATJCagan)

Tre dager i San Juan

Nå har jeg vært her i tre dager og konferansen har endelig begynt. Jeg hadde en strabasiøs reise med komplikasjoner, men leiligheten er bra. Jeg bor i et veldig fint område og nære konferansehotellet. Det er god mat, deilig kaffe, hav over alt, strender, sol, Amerikanere, luftfuktighet, pelikaner og øgler.

20140609-102039-37239957.jpg

20140609-102040-37240904.jpg

20140609-102038-37238728.jpg

20140609-102038-37238039.jpg

20140609-102041-37241505.jpg

20140609-102042-37242096.jpg

20140609-102040-37240542.jpg

20140609-102039-37239351.jpg

White male privilege

I read about a group of researches that did a field experiment on response from professors in academia to emails from students. And I am very sad about the results.

From NPR’s transcript of a Morning Edition story: Group of researchers ran this interesting field experiment. They emailed more than 6,500 professors at the top 250 schools pretending to be the students. And they wrote letters saying, I really admire your work. Would you have some time to meet? The letters to the faculty were all identical, but the names of the students were all different. […] Brad Anderson. Meredith Roberts. Lamar Washington. LaToya Brown. Juanita Martinez. Deepak Patel, Sonali Desai, Chang Wong, Mei Chen. […] All they were measuring was how often professors wrote back agreeing to meet with with the students. And what they found was there were very large disparities. Women and minorities [were] systematically less likely to get responses from the professors and also less likely to get positive responses from the professors. Now remember, these are top faculty at the top schools in the United States and the letters were all impeccably written.

“There’s absolutely no benefit seen when women reach out to female faculty, nor do we see benefits from black students reaching out to black faculty or Hispanic students reaching out to Hispanic faculty,” and, “In business academia, we see a 25 percentage point gap in the response rate to Caucasian males vs. women and minorities.”

Milkman found there were very large disparities between academic departments and between schools. Faculty at private schools were significantly more likely to discriminate against women and minorities than faculty at public schools. And faculty in fields that were very lucrative were also more likely to discriminate. So there was very little discrimination in the humanities. There was more discrimination among faculty at the natural sciences. And there was a lot of discrimination among the faculty at business schools.

All this makes me sad and a bit worried about my academic future. It just shows me that I need to be extra pushy and remember to follow up on all the people I contact.

Poster presenting i Puerto Rico!

Guess what?!?

Dear Colleague,

I am pleased to inform you that your abstract “Current fluctuations in selection response of the Atlantic salmon genome discovered during ongoing domestication” reference 1089 has been accepted for POSTER presentation at SMBE 2014.

 

Yay! So now I only have to work my ass off to finish the results I need and to actually make this poster. But a very nice welcome home after almost a month away from the office.

Current fluctuations in selection response of the Atlantic salmon genome discovered during ongoing domestication

This is what will get me to Puerto Rico in june, I hope.

“Domestication is associated with strong selection and rapid phenotypic change. It therefore offers opportunities to study consistent directional selection on complex characters in organisms with long generation times. Contemporary domestications, additionally, also allow the early stages of the domestication process to be analysed.

Atlantic salmon (Salmo salar) was domesticated less than 15 generations ago. This recent domestication has targeted particularly body size as the major selective trait, but the commercial rearing environments have also been shown to be responsible for indirect selection on behavioural traits, e.g. reduced predator response and increased aggression. As the traits under selection are complex polygenic characters and the selection is likely on existing genetic variation, we expect to find many loci responding to selection.

We exploited early samples and the well documented pedigree from this domestication event to track the impact of selection in a commercial salmon breeding line. We find striking variation among generations in the distribution, identity and number of loci displaying generation to generation transmission ratio distortion. Our results are consistent with an early response to domestication where the entire genetic background is subtly transformed. Selective sweeps, such as have been observed in older domestications, would then occur later within this transformed genetic background.”

Also, this is the basis of my first paper, 1/3 of my PhD.

I’m going to Puerto Rico!

SMBE2014-600x360

As I have already told you, I have been working on an abstract so I might get picked to hold a poster presentation at a molecular evolution conference in Puerto Rico this June. And now my abstract is done and I have cleared the travel and money spending with my boss, so I am going!

Now I just have to wait and see if I get to hold a presentation and make plans for the conference. I have learned that conferences are made of many smaller symposia, and I am going to attend a couple of them. The conference is at the Carible Hilton hotel and I can’t wait to spend a week in this place!

SanJuan01-M-07

CaribeHilton

What I need to do now I finish lots of analyses and get my first manuscript ready, so I have something to talk about in June. Wish me luck!