Bayesian statistics

20130715-103644.jpg

This is Dr. Matthew Stevens, one of my two lecturers on my course MCMC in Statistical Genetics here at University of Washington in Seattle. Today, tomorrow and half of wednesday I will learn more about Bayesian statistics and how I can use that statistic in my work in genetics at home.

In Bayesian statistics you use prior information of your dataset in addition to the information you get from the data themselves. And MCMC stands for markov chain monte carlo which is a method (or algorithm) to search through an unknown space to find a probable solution of a question given your data.

It sounds a bit complicated maybe, but I recommend that you read up a bit on it on Wikipedia. I think that the articles on statistics on Wikipedia are very good and you can learn a lot from it.

And as I am now on Pacific time, I am eigth hours after Norway, so my blog posts will be out later than usual. And I will try not to use my phone, only the internet, so if you want to communicate, use the internet!

Forskningsformidling

Jeg fant denne artikkelen om endringer i et trekk (fenotyp) i en fugleart i Nord-Amerika, mest sannsynlig på grunn av seleksjonspress fra økt biltrafikk i området der fuglene bor. Det er en god artikkel som belyser saken helt korrekt og uten å trekke forhastede slutninger. De er flink til å vise at det ikke er tydelig akkurat hvorfor det er skjedd, men at det er godt mulig at biltrafikk på noe vis har påvirket vingelengden i populasjonen. Det er en morsom artikkel og dere bør lese den. Men det jeg virkelig likte med artikkelen var et PS til slutt:

PS: Før noen vil rase fra seg i kommentarfeltet eller på e-post: Ja, tittelen er noe unøyaktig. Det er selvsagt ikke akkurat de fire fuglene der som har lært seg å unngå å bli påkjørt. Det er én bestand som har tilpasset seg. Men noen begrensinger er det i en tabloidtittel. Men hvis noen absolutt vil, er det bare å rase i vei om både dette og annet dere måtte ha på hjertet (innenfor rimelighets grenser, da, f eks ingen hitling av fugl!). Og ja, det var en pinlig skrivefeil i første avsnitt (bil, ikke fugl), takk til dere som har sagt fra :)”

Kjære Sindre Granly Meldalen, du er akkurat nå min absolutte favorittjournalist!

Kvalitetskontroll og respons på tilbakemeldinger

Det passer liksom ekstra godt å poste utdrag av denne artikkelen i Universitetsavisa (i Trondheim) nå som vi skal til Trondheim i helga. Den er egentlig veldig alvorlig for NTNU og handler om at NTNU har så dårlig system for å lytte til studentenes evalueringer av fag, forelesninger og forelesere at de kan bli det første universitetet siden etableringen av Kvalitetsreformen, som ikke blir godkjent.Som betyr at de ikke får lov til å utvikle universitetet videre før de har ryddet opp.

Noen utdrag:

“Komiteen mener disse inneholder lite analyser av utdanningskvalitet, programkvalitet eller læringskvalitet, men derimot inngående analyser av inntakskvalitet på studentene og mulige tiltak for å forbedre denne.”

“Komiteen har møtt studenter fra alle de aktuelle emnene under lupen. Alle kjente til ordningen med referansegrupper, de fleste trivdes godt som studenter ved NTNU, men framholdt at ordningen med rekruttering til referansegruppene ofte var ved håndsopprekking, og var ikke nødvendigvis representative for de mindre eller normalt engasjerte studentene.

Referansegruppene kunne bare ta tak i små ting, og adresserer ikke større problemer, som for eksempel dårlige forelesere, framgår det i rapporten.”

“Studentene klaget på at informasjon de gav i referansegruppene ikke ble tatt videre til programrådene.

‘Noen lærere liker at alt er som før, og får lov til det’, skal det ha blitt sagt under intervjuene med den sakkyndige komiteen.”

Jeg tror vi alle, i hvert fall på NTNU, kan være enige i det de trekker fram her i rapporten. At du kan påvirke om det skal være fem eller seks obligatoriske oppgaver i et fag, men du får ikke gjort noe med faktiske strukturelle utfordringer i faget. “Ingen” har ansvar for å sende videre rapporter fra tidligere referansegrupper og ingen, hverken forelesere eller instituttet (eller fakultetet tydeligvis) bryr seg egentlig. Jeg er veldig glad for at noen faktisk har tatt tak i det og er litt strenge med dem. NTNU kan ikke bare bry seg om hvor mange som blir tatt opp, de må også bry seg om kvaliteten på det de leverer. Lykke til til studenttinget!

Tattoo

phylogenetics

I just found this tattoo on the interwebz. I really like the illustrations and they are very presise. This is called phylogeny, to make species trees, and it requires a lot of statistics and computer power.

Looking back

These days, as we are planning holidays and wonderful things to do the next months, I can’t help but think about how life was a year ago. It is strange to think that it has only been one year since I was sitting in my office in Trondheim, thinking that the master thesis was still a long way off. Now I am a master of biology, I am a PhD candidate, I live in Oslo and my life is just so different when keeping in mind that nothing has actually changed. I’m still doing biology, I’m still doing genetics and computer programs, I’m still with Erik and I have the same friends.

xkcd had a new comic today and it made me laugh, because I too, have been scrolling alon the river Lena (in Russia), trying to find civilization. I didn’t do it for fun, but because I was trying to find places that were mentioned in the descriptions of the samples I used in my master thesis (and there aren’t that many, as you can see) by Russians travelling 60 years ago.

expedition

Limitless life

turritopsis_nutricula

Ok, so how cool is this?!?

Supercool!

I will actually, right now, incurage you to like (as in Facebook like) the page “I fucking love science”, because the site gives you a good and simple peek into what happens in science right now and how cool it actually is.

Go like!

Pollution

Pollution

 

You can say what you will about pollution, plastic bags and the like, but what is true s that it is a problem. My heart aches for the turtle with the “belt”, it is just terrible to look at. And I’m thinking of that whale they found this fall, that had a lot of plastic bags in its belly (they eat them because they look like jelly fish). I am considering beginning to pick up other peoples’ rubbish in the streets, not just my own.

Road trip!

Good news! Erik and I are going to Italy on a road trip this Easter 🙂 We have now even bought the tickets, so now it is definitely happening. I can’t wait to go. There is nothing better that travelling with Erik and I am looking forward to spending ten days in romantic Tuscany with him. There will probably be a lot of what we did when we went to Uppsala for my interview in September last year.

Uppsala:

DSC_0323

The church from the river

DSC_0328

Beers by the river

DSC_0338

Mmmm, berries and mushrooms.

DSC_0339

Skipping and dancing

DSC_0345

By the fort

DSC_0350

The entrance to the botanical garden

DSC_0378

Benches for giants

DSC_0389

Carl von Linné was at Uppsala when he invented the scientific system of ordering organisms

DSC_0408

Insection of the plants

DSC_0417

Happy, lunching in the sun

DSC_0439

The fashion brand Acne has collaborated with Uppsala University to make t-shirts! (but I was too poor to buy one)

DSC_0441

The front of the church

DSC_0443

Bulle! (cinnamon roll, Swedish style) Just as big as Eriks’ face

DSC_0442

The tea cup is dwarfed by it

DSC_0446 DSC_0445

This summer

In the middle of master thesises (is that really the plural?), moving, travelling and not having my own coputer, I have realized that I never actually posted pictures. I have therefore decided that I will have some regular updates with real (and good) photoes.

As I might have said this summer, I was, for the first time, the fastest of the four of us. That meant that I had time to stop and photograph on every hill top. So here is a selection of (mostlyl) close up nature.

DSC_0006 (2)

DSC_0154

DSC_0008 (2) DSC_0027 (2) DSC_0030 (2) DSC_0185

 

DSC_0542 DSC_0558

I’m so excited, and I just can’t hide it

I am going to spend the next three years of my life working with this guy! Yes, I got the PhD at the Norwegian University of Life Sciences (UMB) in Ås! Yey! You know what this means? I am getting a real job with co-workers and tasks and holidays. I can’t wait. And now we can finally do some real planning for the future. Where should we live? Right now Erik and I work at completely opposite sides of town, so we might get our first heated debate…

What am I doing my PhD on? Well, it is in genomics and bioinformatics (taking those two courses this Autumn was the smartest thing I have done) on salmon. I am going to compare the genome of wild and bred salmon and see how they differ. I’m not going to see or toutch a single salmon, but only work on huge datasets on my computer.

This also means that I will start taking the train for 56 minutes every day, be bugged with traffic and snow chaos and such. I will probably have time to read newspapers or blog twice a day or read a ton of articles on my way to work, so I guess it’s all good. It also means that I have more courses to do, more exams and a final, huge, terrifying exam in three years. Oh, well, I should worry about that later.

To cheer you and myself up, I give you this nice picture of all the flowers in our apartment right now.

Vintertegn

Yndlingsvintertegnet mitt er ikke snø, men sidensvansen. Jeg har blogget om den før, men her kommer et vakkert bilde tatt av Oddvar Heggøy, gammel venn av meg og både fugle- og fotoentusiast. Han har en fotoblogg, om du liker fugl og foto.

Som dere kan lese i blogginnlegget til Oddvar, så kommer disse trekkende nordfra i store flokker og spiser bær og annet snask på vei sørover. Du ser dem oftest i flokker i toppen av trær i solnedgangen, da skinner de nesten gyllent i solskinnet. Det er ikke ofte man får til å se de fine fargene deres med det blotte øye (om ikke du vandrer rundt med kikkert rundt halsen til vanlig), men det er lett å gjenkjenne dem på den brun/grå/gyldne fargen de har og den karakteristiske toppen.

Nå har jeg sett dem hver høst i helt siden jeg flyttet til Trondheim og fikk “blikket”, dvs at jeg faktisk begynte å gjenkjenne dyr og planter og se forskjell på dem. Så jeg anbefaler alle å ha nesa høyt i sky, for å se på solskinnet, de fargerike bladene og sidensvansene.

Sko! (det er en grunn til det, tydeligvis)

Jeg følger bloggen til biologilæreren min på videregående (nå er han gründer, men fremdeles levende interessert i evolusjonsbiologi) og for ikke lenge postet han dette innlegget om hvorfor kvinner er sykelig opptatte av sko. Morsom lesning!

Hvorfor er kvinner så opptatte av sko?

Vitenskapen har gitt oss mange fantastiske oppdagelser. Vi har funnet ut hvordan universet oppsto, hvordan levende vesener utvikler seg og at materie og energi er to sider av samme sak. Vi kan få svære jerndingser til å fly, identifisere drapsmenn utifra en bloddråpe og hviske til kjæresten selv om hun er på den andre siden av jorden. Bare ett mysterium gjenstår: hvorfor er jenter så opptatte av sko? Sosiobiobloggen tar saken.

Etter at Imelda Marcos, en lite folkelig presidentfrue på Filippinene, flyktet til Hawaii i 1986 tømte opprørerene palasset hennes. I tillegg til tusen vesker og haugevis av andre luksusvarer fant de 1060 par sko. Det tilsvarer fem fotballbaner i lengde hvis du setter skoene opp i en linje.
Man kunne tro Imelda er ekstrem, men en stor undersøkelse gjort av gocompare.com i 2010 avslørte at amerikanske kvinner gjennomsnittlig kjøper 469 par sko i løpet av livet. Til enhver tid har gjennomsnittskvinnen 19 par klare til bruk og nesten hver tiende dame har over 100 (ja, hundre) par sko å velge mellom når hun skal ut av huset. Ingen har sjekket tilsvarende for menn, men det er neppe kontroversielt å anta at vi har et litt annet forhold til dette plagget.

Som den nysgjerrige og nesten allvitende karen jeg er har jeg lenge lurt på hva det er for noe med damer og sko. Og jeg er ikke fornøyd med de svarene som jentene selv gir; “fordi de er fine/kule/sexy” bekrefter jo bare AT de har en hang-up og forteller ingenting om HVORFOR de har den. Dette spørsmålet trenger en såkalt “ultimat forklaring”, en som forteller hvorfor jentehjernen er bygget sånn at de hele tiden ser på og ønsker seg nye sko. Og sånne svar er akkurat det vitenskapen skal finne, men i denne saken har ikke forskerne gjort jobben sin enda.

Forskningsfronten
Tross iherdig søking i databaser med vitenskapelige publikasjoner har jeg ikke klart å finne noen forklaring. Da er det bare en ting å gjøre: vi finner ut av dette selv. Sosiobiobloggen er av uforståelige grunner ikke støttet av Norges forskningsråd, så dette blir ikke noe fullverdig vitenskapelig arbeid, men vi kan ihvertfall prøve å lage en troverdig hypotese. Så får heller noen andre søke penger for å undersøke om hypotesen stemmer med virkeligheten etterpå. Velkommen, kjære leser, til cutting edge science.

Skosjekkere
Det første vi må gjøre er å finne ut av om det faktisk er tilfelle at damer har et spesielt forhold til sko. Det holder ikke at “alle vet det”. Heldigvis finnes det masse indirekte bevis; de kjøper og eier langt flere sko enn menn (selv om akkurat det like gjerne kan bety at menn har en avvikende aversjon mot sko), skobutikker stiller ut flere sko for kvinner enn for menn og dameblader inneholder flere skoreklamer enn manneblader. Et virkelig besnærende bevis som jeg nylig kom over er såkalte “eye-tracking heatmaps” som viser hva øynene til menn og kvinner ser på i et bilde.

Markedsførere og webdesignere undersøker nemlig hvordan øynene våre beveger seg over websider og bilder. På den måten kan de vite hvor man f.eks. bør plassere en logo og eller en knapp med “kjøp nå”. Og til hjelp for oss kan vi få vite akkurat hva menn og kvinner ser på i et bilde av en modell. Ikke overraskende ser de lenge på skoene, mens menn holder seg til helt andre deler av kroppen. Vi kan konkludere med at ihvertfall vestlige kvinner er mye mer interesserte i sko enn det vestlige menn er.

Ubevisst søker kvinnenes øyne mot skoene. På noen millisekunder har hun sjekket ut hva andre har på føttene.

Nå som vi har sannsynliggjort at fenomenet faktisk finnes kan vi begynne å stable på beina en forklaring på hvorfor det er sånn. For å gjøre det er det lurt å først se litt mer på akkurat hvordan skogalskapen kommer til uttrykk. Det kan heldigvis forskning si litt mer om.

Samlerinstinkt
Jenter liker generelt å shoppe. Hjernen hennes belønner henne med en deilig dose dopamin når hun står i kassa og sikrer seg dagens fangst. Dessverre brytes dopaminet ganske raskt ned og den rusen går over. En forsker mener å ha påvist at velværen varer lenger når jenter kjøper sko og tror at det skyldes at de overtaler seg selv til å tenke at de ikke bare har kjøpt noe de har lyst på, men også noe som er både praktisk og nyttig.
Et annet studium viser at skokjøp i tillegg til belønningssenteret trigger et helt spesielt område i hjernen. Et område som (ihvertfall hos rotter) er forbundet med samlemani.
Kvinner ser altså ut til å bli belønnet av sine egne hjerner av å kjøpe og eie mange sko. Og fra øyetrackingen har vi lært at øynene deres mer eller mindre ubevisst søker mot føttene på mennesker de ser. Dette tyder på at skomanien er nesten instinktiv og dypt forankret i kvinnene. Det hadde jeg ikke trodd da jeg begynte å jobbe med denne saken. For instinkter er da forbeholdt viktige ting som mat, trygghet og sex? Vel, sko har overraskende mye med både trygghet og sex å gjøre.

Sko beskytter mot alt som er klistra fast på planeten som vi trasker rundt på

Skoforsvar
Klær er en kjempefin teknologi. De beskytter kroppene våre mot omverdenen og gjør at vi kan tåle et større spenn i temperaturer og fuktighet enn andre dyr. Og selv vi menn må innrømme at de har en sosial betydning; du går ikke på jobbintervju uten klær selv når det er kjempefint vær. Sko er et spesielt klesplagg. De beskytter oss ikke bare mot luft, sol og regn som resten av klærne gjør, men også mot alt det harde og farlige som tyngdekraften har plassert på jordoverflaten. Sånn sett er sko kanskje det viktigste plagget vi har hvis vi tenker på det funksjonelle; de skal beskytte mot mange flere og større farer enn de andre klærne. Og i likhet med andre klær kan de også ha en sosial funksjon.

Sexinvitasjon?
Det er mange forståsegpåere og motepratere som har prøvd å forklare hvorfor kvinner er så opptatte av sko. Høye hæler kan være en måte å framstå som høyere enn det man egentlig er og høyde er forbundet med høy sosial status. Kanskje skotittingen er en måte å sjekke om den andre jukser med høyden eller ikke? Andre har foreslått at høye hæler gjør at rumpa stikker ut, ryggen svaier seg og damene derfor inntar en sexy “kom og ta meg bakfra”-positur.
Begge deler er mulig, men det forklarer ikke hvorfor kvinner er så opptatte av å eie mange forskjellige sko, også varianter uten høye hæler. Det forklarer heller ikke hvorfor de er så interesserte i de skoene som alle andre har på seg.

Ikke nymotens
Klær og sko forbindes med moter og det siste nye. Det er sikkert derfor ingen har forsket på om skodilla kan skyldes et gammelt instinkt. For hvordan kan noe som er så skiftende og moderne som moteindustrien skyldes evolusjon fra steinalderen eller før?
Men la oss gå litt nøyere inn på akkurat dette. Hvor lenge har vi hatt sko egentlig? Kan vi ha hatt sko så lenge at evolusjonen har rukket å tilpasse oss til dem?
Svaret er, ganske overraskende, ja.

Føtt sånn?
Ta en titt på foten din. Med unntak av stortåa er tærne dine svake totter som ikke er særlig duganes til skikkelig arbeid. Hos våre eldste forfedre var alle tærne kraftige og viktige når vi løp rundt etter mat og damer. Professor Erik Trinkaus ved Washington University i St. Louis har studert gamle skjeletter og funnet ut at de som levde så langt tilbake som for 40.000 år siden hadde like svake tær som vi har i dag. Mest sannsynlig ble tærne svakere fordi menneskene allerede da hadde sko som ga støtte og beskyttelse. På omtrent den samme tiden begynte det som man kaller den “kulturelle eksplosjonen”; menneskene begynte å lage smykker, steinverktøy og kunst.
40.000 år er ikke veldig lang tid i evolusjonær sammenheng, men til sammenligning vet vi atEuropeerene utviklet melketoleranse på omtrent 5000 år. Vi har altså hatt sko lenge nok til at naturlig seleksjon kan ha påvirket hvordan vi forholder oss til dem. Og helt siden vi begynte å bruke sko har mennesker også tatt i bruk smykker og andre gjenstander som har fungert som statussymboler.

Forklaringen
Hvordan skal vi oppsummere all denne skokunnskapen i en foreløpig forklaring på hvorfor damer har skodilla? Eller for å bruke et litt mer vitenskapenskapelig språk: hva bør være den gjeldende hypotesen?
Jeg vil tippe at sko i flere titalls tusen år har vært mer enn en praktisk nødvendighet. Hva slags sko en person har gått med har vært tett knyttet til hans eller hennes sosiale status. Så har kvinner utviklet instinkter for å se etter dette tegnet når de ubevisst vurderer en annen person. Og når det var blitt utbredt å bli målt etter hva man hadde på beina, var det satt i gang et kappløp som presset fram et ønske om å alltid bry seg om hva slags sko man selv viste seg fram i.

Hva kan vi så bruke denne nye kunnskapen til?
Vel, vi kan forske videre og teste hypotesen vår. For eksempel ved å måle kvinners reaksjoner på henholdsvis andre kvinners og menns sko. Eller om etterkommere av barbeinte urfolk er immune mot skogalskapen.
Og du som er mann kan utnytte kunnskapen til din egen fordel: Kjøp ekstra fine sko neste gang. Damene bryr seg, vet du.

First night frost

I experienced this winter’s first night frost last weekend and it made me miss bright summer nights and light summer dresses. And then I remembered that I haven’t put out any of the pictures from this summer, so now there will be a litteral wave of summer nostalgia. Here goes:

First out, BBQ with the other young people at the museum of archaeology and natural history in Trondheim, where I did my masters degree.

My favorite photo object

Happy people (with thick jackets)

Mmmm, food!

Ruben joined in

Summer in Trøndelag

Inspection of Sondre’s bubbles

 

Dry ice is the best way to cool your bubbles

The museum’s two master graduates 2012

I look happy because I am happy

The best way to end a party, with bubbles and sunshine. Nothing like the light at midnight in Trondheim.

Job offer, Tunisia and bioinformatics

My life is terribly crowded this week. I had three job interviews in 8 days and now I am learning to program in BASH, Python, SQL and R. And I have gotten an job offer while I wait for two other offers (hopefully). And I’m leaving for Tunisia on Saturday, so there are a lot of things I need to get done this week before I leave. And when I come back, there are four weekends on a row with scouting.

Stressed? Me? Noooo

So yeah. Bioinformatics is nice, I’m starting to get the hang of Python and I think I will manage this programming. I finally have to decide what I actually want to do with my life and there are so many things to consider. The most important thing is probably if I really have the guts to do a PhD. Three years in Germany. We’ll see.

But I did have the time to have a meet with a personal trainer last night, and got a really good work out. Haven’t worked out in three weeks or so, so it was really good. There has definitely been a big change in my life the last year when it comes to exercising. A good change. I like it.

Phew, I have to continue. And try to decide. Wish me good luck.

Glaucus atlanticus

I have found a new cool piece of nature! This one is called Glaucus atlanticus and is a marine gastropod, that is a slug that lives in the ocean. As you might know, I really like sea slugs because they have a number of wonderful adaptations (and they are terribly pretty).

This one is just your ordinary sea slug, it eats one of the most poisonus jelly fishes in the world (the Portugese Man o’ War) among others and gathers all the venom in small sacks and then transports those sacks out to the tips of its appendages (“fingers”). It also manages to make the venom even more concentrated, so it is even more dangerous than the jelly fish. How cool is that? I mean, in stead of getting stung and die, it just uses the venom in its own defence system. It doesn’t swim around either, it just floats on its back. Sounds like a chill life.

If you want more pictures of pretty sea slugs, I recommend this page, which actually is a site were you can contribute with your own pictures of sea slugs (nudibrancs) and then find out which species it is.

Interview in Uppsala

Here are some snapshots of the two days I spent in Uppsala last week.

image

New shoes! Sale and cheap Swedish money makes for double cheap shoes 😀

image

image

Sunny day at Biologiska Trädgården

image

image

Very good place for fika.

image

Beautiful butterflies!

image

Outfit pic, new denim shorts bought second hand and my favorite yellow bag.

image

Cosy bakery

image

Lots of cake!

image

I really like Uppsala. You earn almost nothing as a Swedish PhD compared to in Norway, but everything is cheaper there too, so it might even out in the end. Anyway, I will get a reply in a week’s time so I will try not to think about it until then.

Norheimsund

Innkalt på nytt intervju! I Bergen! I Mattilsynet! Har jeg flaks får jeg kanskje jobb innen utgangen av september. Men det betyr vel også at jeg snart må bestemme meg for hva jeg vil gjøre…

Siden det ikke er så mange stillinger å søke på for tiden er dagen i dag satt av til å tømme innboksen (man merker godt at sommerferien er over nå, epostene bare strømmer inn) og å gjøre en del to dos for Komité Speiding. Jeg skal jo til Stavanger til helga og holde kurs og vi skal ha første møte med den nye lederen vår, så det blir spennende og interessant. Jeg er veldig spent på hvordan dette halvåret blir. Også fordi perioden min i KS egentlig går ut i januar (da har jeg sittet i to år, allerede) og jeg må bestemme meg for om jeg vil fortsette to år til.

Men planer bare strømmer på, Bekkestua denne uka og så Stavanger i helgen. Og neste uke ser det ut til at vi skal flytte alle tingene våre ned til Oslo. Så nå er det om å gjøre å finne et minilager i Osloområdet og kjøpe flytteesker og plastbokser med plass til hele livet mitt i. Og når alt er på plass i Oslo må jeg skrive flere søknader og så er vi langt ut i september. Denne høsten kommer til å gå fort.